Hefner sinh tại Chicago, tiểu bang Illinois. Ông là con đầu (trong số hai con trai) của một cặp vợ chồng giáo viên, ông bà Glenn Lucius (1896 – 1976) và Grace Caroline Hefner (họ thời con gái: Swanson, 1895 – 1997). Mẹ ông gốc Thụy Điển còn bố ông có tổ tiên người Anh và Đức. Ông là hậu duệ trực hệ của thống đốc thuộc địa Plymouth William Bradford.[1]

Hefner theo học trường tiểu học Sayre và trung học Steinmetz, sau đó làm việc cho một tờ báo của quân đội Mỹ từ năm 1944 đến 1946. Sau đó, ông tốt nghiệp Đại học Illinois với bằng cử nhân tâm lý học. Sau khi tốt nghiệp, ông học một học kỳ của chương trình sau đại học về Xã hội học và Phụ nữ – Giới tính học tại Đại học Northwestern, nhưng đã bỏ ngay sau đó.